電子式互感器外殼與常規互感器相比，具有消除磁飽和現象、對電力系統故障響應快、消除鐵磁諧振、絕緣性能優良、能適應電能計量與保護數字化發展、動態范圍大、頻率響應范圍寬、經濟型好等優點。其中不同原理的電子式互感器也具有其自身的技術特點。 由于在運電子式互感器數量有限，運行時間不長，積累的運行經驗不多，設備的穩定性和可靠性較常規的互感器存在較大差距。運行期間發現存在以下問題。
1）技術不夠成熟。 激光供電型電子式電流互感器高壓側電子電路較為復雜且受功能影響；磁光玻璃電流互感器存在光學傳感頭加工困難、測量受光功率波動的影響、小電流測量時的信噪比較低、易受環境溫度的影響等；全光纖電流互感器存在光纖器件的非理想偏振特性問題、Verdet常數的補償問題和小電流測量時的信噪比較低等問題；電子式電壓互感器較電流互感器的成熟度更低，電容分壓型的電子式電壓互感器易外界空間雜散電容對電壓分壓比的影響；光學電壓互感器整體方案還需深入研究，與光學電流互感器一樣易受外界環境因素影響。
2）設備穩定性差。 實際運行中，電子式互感器故障率偏高、易受外部干擾出現數據異常，電子式互感器處于戶外環境的高壓線、隔離開關、斷路器等強干擾源附近，需經受惡劣氣候和不規則強電磁干擾的考驗。有源式電子式互感器在高壓側含有電子電路且需要電源支持才能正常工作，但是由于目前的電子式互感器所用電子元件的電磁兼容標準偏低，抗干擾能力普遍偏低。因光學器件對溫度、振動敏感導致無源電子式互感器的穩定性受溫度、振動的影響。
3）入網管理不到位。 針對電子式互感器>存在試驗項目和方法不完善，檢驗項目針對性不強；運維管理困難，電子式互感器運行設備少，時間短，目前還沒有相關規程規定指導設備狀態特征量獲取、設備評價、維護和檢修工作；運行期間故障率高，直流系統國外生產電子式互感器中，無源式電壓互感器運行情況較穩定，有源式電流互感器遠端模塊出現故障率大，國內生產全光纖電路互感器敏感環易損壞。
4）電子式互感器運行時間短，其長期運行的穩定性、可靠性及壽命還需要經過足夠長時間運行實踐的檢驗；電子式互感器制造、驗收、檢修、運行管理等規程規定缺少或尚未完善，行波故障測距裝置需要專門配置能提供快速采樣值的采集器和合并單元，電子式互感器用于電能計量尚未得到國家有關部門的認證。